ウェブマスターツールのクロールエラーページに表示される
404（Not found）は、Google検索での掲載順位に影響するのでしょうか？

Googleは、サイトの一部のURLが既に存在しない、または404を返していた場合も、
サイトの他のURLの検索結果内での検索順位には影響しません。
インターネットは常に変化しており、新しいコンテンツが次々と作られ
古いコンテンツはなくなっていきます。コンテンツがなくなったとき、
404レスポンスコードを返すことは正常な動作だと発表しています。
検索エンジンもそれを理解しています。

GoogleのクローラがURLのHTTPレスポンスコードを確認するためには、
そのURLをクロールする必要があります。
該当のURLがrobots.txtファイルでブロックされていると、クロールができず、
レスポンスコードを確認することができないためrobots.txtでブロックしない方が望ましいです。

※robots.txtとは　ウェブをクロールする検索エンジンロボットによるサイトへのアクセスを制限するファイル。
参照　http://support.google.com/webmasters/bin/answer.py?hl=ja&answer=156449

しかし、404を返しているということ自体が、サイト評価に影響がないから対処が必要ないかというと
一部の404に対しては対処が必要です。

例えば、誰かがサイトにリンクしようとしてURLをタイプミスをしていることも考えられますので、
その場合は、404の代わりに301リダイレクトを使用して正しいURLにリダイレクトしましょう。
リダイレクトによりそのリンクからのトラフィックを失うことを防げますし、
リンクの評価を引き継ぐことができます。また、ユーザーがサイトの404ページにアクセスした場合、
「404 Not found」とだけ表示するのではなく、ユーザーにとって有用なページを用意することも重要です。
例えば、404エラーをリダイレクトで解消することにより、トラフィックを得ることができたり、
404ページをカスタマイズすることにより、人気の記事へのリンクを加えたり、
フォームを設置してユーザーに無効なリンクを報告する方法を提供できたりと、
使い方次第ではプラスの効果を期待できます。

ウェブマスターツールのクロールエラーページでは重要なエラーに重点を置いて先に修正できるよう
エラーがランク付けされており、対処が可能なエラーほど優先順位リストの上位に表示されております。
優先度を確認し、上位のものより対処していくと良いと思います。

エラーをエラーのまま終わらせるのではなく、どうしてエラーが出ているのか？
どうすれば解決できるのか？など対策を考え、対処していくことによって
トラフィックやユーザビリティの向上に役立てていきたいですね。


参照　http://googlewebmastercentral-ja.blogspot.jp/2011/07/404.html
　　　http://support.google.com/webmasters/bin/answer.py?hl=ja&answer=93641
　　　http://googlewebmastercentral-ja.blogspot.jp/2012/04/blog-post_18.html